Shiho AOKI

• March, 2019 Graduated from Waseda University Honjo Senior High School
• April, 2019 Entered Department of Life Science and Medical Bioscience, Faculty of Advanced Science and Engineering, Waseda Univ.
• March, 2023 ​Graduated from Department of Life Science and Medical Bioscience, Waseda University
• April, 2023 Entered Doctoral Program in Advanced Science and Engineering, Graduate School of Advanced Science and Engineering, Waseda University

Biology Group

Neofunctionalization of neurite outgrowth in the placental Praja family

molecular evolution, E3 ubiquitin ligase, Alzheimer's disease, molecular dynamics simulation (MD), quantum annealing

• E3 ligase Praja1 mediates ubiquitination and degradation of microtubule-associated protein tau. Shiho Aoki†, Wataru Onodera†, Akihiko Takashima, Kotaro Kawasaki, Kazuki Imadegawa, Hikaru Kurahashi, Mizuho Oishi, Toru Asahi, Yoshiyuki Soeda. The FEBS Journal, 293(8), 2212-2224, (2026)
• Functional Divergence and Origin of the Vertebrate Praja Family. Wataru Onodera†, Kotaro Kawasaki†, Mizuho Oishi, Shiho Aoki, Toru Asahi. Journal of Molecular Evolution, 92(1), 21-29, (2024)
• Data on the solution and processing time reached when constructing a phylogenetic tree using a quantum-inspired computer. Wataru Onodera, Nobuyuki Hara, Shiho Aoki, Toru Asahi, Naoya Sawamura. Data in Brief, 47, 108970, (2023)
• Phylogenetic tree reconstruction via graph cut presented using a quantum-inspired computer. Wataru Onodera, Nobuyuki Hara, Shiho Aoki, Toru Asahi, Naoya Sawamura. Molecular Phylogenetics and Evolution, 178, 107636, (2023)

• PosterPraja1による選択的タウ分解による恒常性維持. 青木志穂, 小野寺航, 川崎晃太郎, 髙島明彦, 宮坂知宏, 朝日透, 添田義行. Pharmaceutical Biology Colloquium in Chiba (PharBiCC) 2026 (日本大学薬学部) (2026)
• PosterE3ユビキチンリガーゼPraja1のNeofunctionalizationによるTau分解の獲得は、 阻害ドメインのLoss of Functionに支持される可能性. 青木 志穂, 小野寺 航, 髙島 明彦, 朝日 透, 添田 義行. 第48回日本分子生物学会年会 (パシフィコ横浜) (2025)
• Poster祖先配列を援用したE3ユビキチンリガーゼPrajaのタウタンパク質認識に関する進化機構の解明. 倉橋 輝, 青木 志穂, 朝日 透, 小野寺 航. 第47回 日本分子生物学会年会 (福岡国際会議場) (2024)
• PosterE3ユビキチンリガーゼPraja1による微小管関連タンパク質タウの分解・品質管理機構の解析. 青木 志穂, 川﨑 晃太郎, Imadegawa Kazuki, 大石 瑞穂, 内田 智也, 加藤 尚己, 櫻木 繁雄, 坂内 博子, 朝日 透, 小野寺 航. 第47回 日本分子生物学会年会 (福岡国際会議場) (2024)
• PosterE3リガーゼPraja1は微小管関連タンパク質タウのユビキチン化と分解を促す. 青木志穂, 川﨑晃太郎, Imadegawa Kazuki, 大石瑞穂, 朝日透, 小野寺航. 第97回日本生化学会大会 (パシフィコ横浜ノース, 神奈川) (2024)
• OralE3 ligase praja1 mediates ubiquitination and degradation of Microtubule-associated protein Tau. ⚪︎Shiho Aoki, Kotaro Kawasaki, Wang Chen, Mizuho Oishi, Toru Asahi, Wataru Onodera. タウ研究会2024 (滋賀医科大学) (2024)
• Poster祖先配列を援用したE3ユビキチンリガーゼPrajaのタウタンパク質認識に関する進化機構の解明. 倉橋輝, 青木志穂, 朝日透, 小野寺航. 第26回日本進化学会神奈川大会 (東海大学湘南キャンパス) (2024)
• PosterComprehensive Analysis of Intrinsically Disordered Proteins in the Marsupial. Shiho Aoki, Toru Asahi, Wataru Onodera. 第62回日本生物物理学会/IUPAB総会2024合同開催 (Kyoto International Conference Center) (2024)
• PosterComprehensive Analysis of the Properties and Functions of Intrinsically Disordered Proteins (IDP) by Integrated Database Profiling. Shiho Aoki, Toru Asahi, Wataru Onodera. 第24回日本蛋白質科学会 (Sapporo Convention Center) (2024)
• Poster霊長目のE3ユビキチンリガーゼPraja1に 特異的な天然変性領域である低複雑性領域の解析. 青木志穂, 森渉, 朝日透, 小野寺航. スーパーコンピューターワークショップ2023 (自然科学研究機構 岡崎コンファレンスセンター) (2024)
• PosterFunctional analysis of a low-complexity region specific to the primate E3 ubiquitin ligase Praja1. Shiho Aoki, Wataru Onodera, Toru Asahi. 第46回日本分子生物学会年会 (Kobe Port Island in Japan) (2023)
• Protein Evolution Analysis by Molecular Dynamics Simulation of Intrinsically Disordered Proteins. Shiho Aoki, Toru Asahi, Wataru Onodera. YBS2023 Student Challenge (2023)

• ScrumAlliance（Certified ScrumMaster®：CSM®）（2021.07）
• NSSOL Capture The Flag（CTF）4th （2021.08）
• IPA Information Security Management （2021.12）